Dieci anni dopo, Alice risponde a una chiamata per tornare nel Paese delle Meraviglie, riconoscendo a malapena il luogo. Dal marciume fungino della Foresta dei Funghi alla chimica del Dominio del Cappellaio Matto, il Paese delle Meraviglie marcisce fino al midollo. Imperterrita dall'ambiente disgustoso e dal pericolo mortale che la circonda, Alice deve annullare il caos e si sforza di scoprire il segreto che la perseguita. Dai vari regni del Paese delle Meraviglie, Alice cerca risposte.
In combattimento, Alice ottiene un piccolo numero di armi che possono essere usate in vari modi. La sua arma principale (e marchio di fabbrica) è la Vorpal Blade, un coltello da cucina decorato.